Emil Nolde, Ernst Luwig Kirchner, Erich Heckel, Otto Mueller, Edvard Munch, Ferdinand Hodler – die klangvollen Namen der klassischen Moderne in der Kunstsammlung der Städtischen Museen Jena prägten einst das Bild der Kunststadt Jena mit. Sie gehörten zur 1912 gegründeten Sammlung expressionistischer Malerei und Graphik des Jenaer Kunstvereins, der sich – anderen Vereinen weit voraus – bereits vor dem Ersten Weltkrieg den Avantgarden zuwandte. Von den akademischen Protagonisten zeitgenössischer Kunst in Jena wie Hans Fehr, Botho Graef, Eberhard Grisebach und Walter Dexel, wurde bis in die zwanziger Jahre konsequent die Moderne gesammelt. Wertvollster Bestand war die 260 Radierungen, Holzschnitte und Lithographien umfassende Botho-Graef-Stiftung Ernst Ludwig Kirchners, eingerichtet als Dank und Erinnerung an seinen früh verstorbenen Freund und Förderer Botho Graef in Jena. Sie ist heute weltweit in privaten und öffentlichen Sammlungen verstreut. Im Jahre 1934 wurde die Jenaer Kunstsammlung dem Stadtmuseum angegliedert. 1937 wurden im Rahmen der nationalsozialistischen Aktion 'Entartete Kunst' wertvolle Bestände beschlagnahmt. In Jena blieb nur der Rest der einzigartigen Sammlung zurück. Die Pflege der Sammlung war angesichts des verpflichtenden Vermächtnisses zu keiner Zeit eine leichte Aufgabe für das Stadtmuseum. Jahrzehntelang bemühte man sich, den kleinen Grundstock aus den ersten Dezennien des 20. Jahrhunderts weiter auszubauen. Bedeutende Erwerbungen gelangen jedoch erst nach 1990.