Der Freskenzyklus besteht aus den drei Fresken des Langhauses und 33 weiteren in den Seitenschiffen. Im Zentrum des Bildprogramms stehen neben der Gründungslegende und der Restauration des Klosters die Leistungen des Benediktinerordens: Er verbreitet und bewahrt die katholischen Glaubenswahrheiten, er vermittelt Kenntnisse in den Naturwissenschaften und in Musik, er verteidigt das Papsttum und kämpft gegen die Reformatoren. In ungewöhnlich drastischer Weise machen die Oberalteicher Fresken viele Positionen der Kontroverstheologie des 18. Jahrhunderts sichtbar.