Der zweite Band des Kommentars zur Metaphysik des Aristoteles von Thomas von Aquin, der den vollständigen Text des 3. Buches wiedergibt, behandelt die wichtigsten Grundfragen der Metaphysik. Zunächst wird die Methode der Metaphysik erörtert, dann geht es um den Gegenstand der Metaphysik als Wissenschaft. Danach behandelt Aristoteles, bzw. Thomas von Aquin die Frage nach den grundlegenden Ursachen und obersten Prinzipien, die von der Metaphysik erforscht werden. Die Metaphysik untersucht insbesondere die Substanz und die Akzidentien. Weiter stellt Aristoteles die Frage nach dem, was Gattungen sind und nach den Allgemeinbegriffen, den Universalien. In der 12. Lektion wird die Frage untersucht, ob Einheit und Sein die Prinzipien aller Dinge sind. Schließlich wird noch die Frage nach dem Wesen der mathematischen Gegenstände betrachtet.