Die Seele wird mit Aristoteles als Prinzip verstanden, durch das sich lebendige von nicht-lebendigen Körpern unterscheiden. Eines ihrer Vermögen ist aber der Verstand. Die besondere Art der lebendigen Körper, d. h. ihre organische Struktur, führt dazu, die Seele als strukturierende Form des Körpers zu denken. Die menschliche Verstandeskraft ist zwar für den Ausgangspunkt des Erkennens auf Sinnesorgane angewiesen, aber Erkenntnis und ihr Anspruch auf Wahrheit ist als solche keine körperliche Konstellation. Wie sich beides in einen einheitlichen Gedanken zusammenführen lässt, ist eine der Grundfragen der ersten Untersuchungen. Die zweiten Untersuchungen gelten speziell den geistigen Wesen, ihrer Eigenart und ihrer Verbindung mit einem Körper. Wie wichtig und kontrovers diese Fragen waren und wie intensiv Thomas über sie nachgedacht hat, zeigt sich daran, dass er manche Fragen aus der ersten Untersuchung bereits nach kurzer Zeit ein zweites Mal aufwirft.