Vor dem Hintergrund der Kontroverse um die Notwendigkeit guter Werke (Majoristischer Streit, unsere Edition Bd. 3) brachen weitergehende Fragen auf. Im Zentrum des Antinomistischen Streits (1556−1571) stand die Frage nach Funktion, Bedeutung und Gebrauch des Gesetzes und des Evangeliums für das Leben der Christen. Insbesondere war strittig, ob der Mensch nach seiner Bekehrung einer besonderen Anleitung zum gottgefälligen Leben durch das Gesetz bedürfe. Die Diskussion wurde ausgelöst durch den Abschied der Eisenacher Synode von 1556, der die Sorge um die rechte Verhältnisbestimmung von Gesetz und Evangelium ansprach. Verschiedene Aspekte dieses Problems wurden an unterschiedlichen Orten des Reichs besonders intensiv debattiert, wobei die Begrifflichkeiten teils sehr schwankend waren. Der Gefahr von Spaltungen innerhalb der Gemeinwesen durch die andauernden theologischen Streitigkeiten suchten die jeweiligen Obrigkeiten teils durch Vermittlung, teils auch durch Zwangsmaßnahmen entgegenzuwirken, so dass es mehrfach zur Entlassung von Predigern kam. Im vierten Band der Edition „Controversia et Confessio“ sind für den Streit bedeutsame Texte von Matthias Flacius, Anton Otho, Nikolaus von Amsdorf, Abdias Praetorius, Andreas Musculus, Joachim Mörlin, Andreas Fabricius, Jakob Sybold, Paul Crell, Johann Wigand, Christoph Pezel und anderen versammelt.