Die historische Kirchenbibliothek im Dom St. Nikolai, das »Geistliche Ministerium«, beherbergt die älteste Büchersammlung Greifswalds, einen der größten bibliothekarischen Schätze des Bundeslandes Mecklenburg-Vorpommern und – neben St. Marien in Barth – die bedeutendste noch am Ort ihrer Gründung aufbewahrte Kirchenbibliothek Norddeutschlands. Sie wurde im Jahr 1602 eingerichtet; seit Ende 2011 befindet sich der Bestand wieder an seinem ursprünglichen Standort im nördlichen Seitenschiff von St. Nikolai. Die Sammlung diente als Studien- und Referenzbibliothek für die Gemeinschaft der Greifswalder Geistlichen und Lehrer und umfasst zum größten Teil theologische Literatur in lateinischer, deutscher, vereinzelt auch griechischer und hebräischer Sprache aus der Frühen Neuzeit.