In seinen Gesammelten Schriften untersucht François Bovon zwei Schwerpunkte: das Lukasevangelium und die Apostelgeschichte des Lukas einerseits und die frühchristlichen Apokryphen andererseits. Besonderen Wert legt er auf die die ethischen und missionarischen Praktiken der frühchristlichen Gemeinden und die Rezeption frühchristlicher Dokumente in der Spätantike. Das ethische Interesse des Apostels Paulus galt nicht primär dem Gegensatz zwischen gut und böse, sondern der Steigerung vom Guten zum Besseren. Die Autorität von Johannes, dem Autor der Apokalypse, beschreibt er in einer nichhierarchischen Weise eher als die Fürsorge unter Geschwistern als die väterliche Fürsorge. Das geistliche Amt einer Frau wird in erst kürzlich entdeckten Passagen die Philippusakten belegt. Des weiteren zeigt François Bovon, wie Lehrpositionen inmitten starker Spannungen erzielt wurden.