Jacobi sei, so Fichte 1801, der »mit Kant gleichzeitige Reformator in der Philosophie«. Tatsächlich entwickelt Jacobi in den 1780er Jahren eine eigenständige Vernunftkritik, die für die nachkantische Philosophie von großer Bedeutung ist. Denn bereits die Briefe »Über die Lehre des Spinoza« (1785/²1789) vertreten eine komplexe Doppelphilosophie: Jacobi verteidigt zum einen die Philosophie Spinozas als Paradigma einer streng systematisch-rationalen Philosophie. Zum anderen aber zeigt er ihre prinzipielle Unfähigkeit, die für das menschliche Dasein und dessen lebensweltlichen Realismus fundamentale Gewissheit aufzuschließen, frei Handelnde zu sein. Diese Überzeugung ist nach Jacobi vielmehr allein im »Gefühl« und als »Glaube« gegeben und erfordert daher eine Philosophie anderen Typs. Vor diesem systematischen Hintergrund verfolgt das Gespräch »David Hume über den Glauben oder Idealismus und Realismus« (1787) ein doppeltes Anliegen: erstens die Verteidigung von Jacobis eigener Position eines »entschiedenen Realismus« gegen seine Fehldeutung als religiöser Fideismus und zweitens die Prüfung von Jacobis Rationalitätskritik an der Philosophie Kants. Die zum »David Hume« gehörende Beilage »Ueber den transzendentalen Idealismus« bietet dabei eine bis heute einflussreiche Auseinandersetzung mit Kants Lehre vom »Ding an sich«. Durch die ironische Zuspitzung der Transzendentalphilosophie zum »kräftigsten Idealismus« nimmt Jacobi zugleich den Grundgedanken von Fichtes Wissenschaftslehre vorweg. Sein Verhältnis zur Wissenschaftslehre klärt Jacobi schließlich im Brief »Jacobi an Fichte« (1799). Unter dem Stichwort des »umgekehrten Spinozismus« bzw. des »Nihilismus« analysiert er diese als eine ebenso paradigmatische Form rein-rationaler Philosophie und insistiert dagegen erneut auf den philosophischen Primat der rational nicht zugänglichen, jedoch im Handeln unmittelbar erfahrbaren Daseins- und Realitätsgewissheit.