Nur zwei Jahre nach dem Beginn des Spinoza-Streits trat Jacobi mit einem neuen Werk hervor: »David Hume über den Glauben, oder Idealismus und Realismus. Ein Gespräch« (1787). Durch eine Präzisierung des Glaubensbegriffs sucht es zur Entscheidung dieses Streites beizutragen, ebenso wie Jacobis »Berichtigung« einer Rezension A. W. Rehbergs (1788), aber es eröffnet zugleich eine neue, überaus wirkungsmächtige Kontroverse: die Auseinandersetzung um die Transzendentalphilosophie, um Idealismus und Realismus. Sie bestimmt Jacobis Schriften der folgenden Jahrzehnte: den bislang unveröffentlichten Text »Meine Vorstellungen« aus der Zeit seiner unmittelbaren Rezeption der »Kritik der reinen Vernunft« (1781), die an Matthias Claudius gerichtete, ebenfalls unveröffentlichte »Epistel über die Kantische Philosophie« (1791) und nochmals 1802 die »Abhandlung Über das Unternehmen des Kritizismus, die Vernunft zu Verstande zu bringen«. Doch bereits 1799, in seiner Vorrede zum »Überflüssigen Taschenbuch für das Jahr 1800«, zielt Jacobis Kritik der Transzendentalphilosophie auf Fichte, und im gleichen Jahr integriert er in seinem Sendschreiben »Jacobi an Fichte« die Kritik an der Transzendentalphilosophie in den gleichzeitigen »Atheismusstreit«. 1802 weist Jacobi in seinen »Drei Briefe an Köppen« Hegels Angriff in »Glauben und Wissen« sowie Schellings Angriffe gegen ihn und Reinhold zurück, und auch seine späte »Vorrede, zugleich Einleitung in des Verfassers sämtliche philosophische Schriften« (1815) erneuert die Kritik der Transzendentalphilosophie. Der Band vereinigt die genannten Schriften, in denen Jacobi in vielfältiger Weise den Gang der nachkantischen Philosophie angeregt und antizipiert und immer wieder richtungweisend verändert hat. Einige Schriften sind in mehreren, zum Teil erheblich veränderten Auflagen erschienen, die im Variantenapparat rekonstruiert werden. Der ausführliche Kommentar erschließt Jacobis für die Auseinandersetzung um die Transzendentalphilosophie zentrale Stellung.