Band II des «Systems der Philosophie» wendet die in Band I ausgearbeiteten Grundlagen der Ontologie und Erkenntnistheorie interdisziplinär auf die Methoden und Ergebnisse der Naturwissenschaften an, legt also eine Naturphilosophie vor, welche bis in Details der anorganischen und organischen Wirklichkeit vorzudringen bemüht ist. Zugleich ergibt sich als Konsequenz aus der in Band I vorgenommenen Bestimmung der Relation von Philosophie und Theologie die Notwendigkeit, Natur als Gottes Schöpfung zu interpretieren. Der Band versucht, umfassend Antwort auf die Fragen zu finden: Warum gibt es in der Natur gerade die Gesetze und Entwicklungen, die wir vorfinden? Warum hat Gott die Natur gerade so geschaffen, wie er sie geschaffen hat?