Eine geheimnisvolle Bibliothek in einer ummauerten Stadt am Ende der Welt, die nur betreten kann, wer seinen eigenen Schatten zurücklässt: Hier lebt das wahre Ich des Mädchens, in das sich der namenlose Erzähler mit siebzehn Jahren unsterblich verliebt. Er macht sich auf die Suche nach ihr, gelangt in die geheimnisvolle Stadt, doch das Mädchen erkennt ihn nicht mehr. Der Erzähler gerät unter rätselhaften Umständen zurück in die Welt jenseits der Mauer. Er zieht nach Tokio, arbeitet im Buchhandel, hat wechselnde Freundinnen. Seine Eltern drängen ihn, endlich zu heiraten. Aber er kann das Mädchen nicht vergessen. Schließlich kündigt er und nimmt eine Stelle in einer alten Bücherei in der Präfektur Fukushima an. Hier trifft er auf Herrn Koyasu, der wie er den Verlust einer großen Liebe zu verwinden hat, und den mysteriösen Yellow-Submarine-Jungen. Die Erinnerung an die ummauerte Stadt kehrt mit aller Macht zurück, die Realität gerät knirschend ins Wanken – und der Erzähler muss sich fragen, was ihn an diese Welt bindet. ›Die Stadt und ihre ungewisse Mauer‹ ist eine Liebesgeschichte, die Geschichte einer wundersamen Reise und zugleich eine Geschichte vom Werden.