Die Innere Mission als das soziale Gesicht der Kirche orientierte sich zwischen 1933 und 1945 vielfach zwischen vorsorgender Anpassung und verhaltenem Widerspruch gegen das Regime, zwischen anfänglicher Euphorie und baldiger Enttäuschung. Auch der Münchner Verein wurde hineingezogen in den Strudel politischer Ereignisse des Nationalsozialismus. In Bayern unterstellte sich die Innere Mission dem Landesbischof und der Landeskirche im Sinne einer erwünschten „Verkirchlichung“, die eine gewisse Rechtssicherheit erbrachte. Felder der Bewährung wie die Seelsorge im KZ Dachau und an den zum Tod Verurteilten im Zuchthaus Stadelheim sowie den intensiven Kontakt zur Hilfsstelle für „nichtarische Christen“ und den Protest gegen die Zwangssterilisation eines Mündels übernahmen die Vereinsgeistlichen und der Diakon. Die überragende Figur mit besonderem organisatorischem Geschick der Inneren Mission in München war Pfarrer Friedrich Hofmann, dem eine Reihe hervorragender Persönlichkeiten zur Seite standen. Sein Wandel vom antidemokratischen Gegner der Weimarer Republik zum pragmatischen Gegner nationalsozialistischer Weltanschauung bewahrte schließlich die Substanz der Einrichtungen.