Die Kanzlei wurde als oberste Justiz- und Verwaltungsbehörde für den königlichen Anteil von Schleswig und Holstein 1648 in Flensburg errichtet und 1649 nach Glückstadt verlegt. Ihre Zuständigkeit war seit 1713 auf Holstein beschränkt und wurde 1734 auf die Grafschaft Rantzau, 1762 auf die plönischen und 1774 auf die gottorfischen Lande ausgedehnt. Zugleich ersetzte man die Bezeichnung "Glückstädtische Regierung" durch "Holsteinische Landesregierung zu Glückstadt und Holsteinisches Oberkonsistorium". Die vorher formell unterschiedlichen besonderen Gerichte - Justizkanzlei, Oberamtsgericht, Pinnebergisches-, Altonaisches-, Rantzauisches Oberappellationsgericht - wurden 1806 als "Holsteinisches Obergericht" zusammengefasst. Seit 1816 hieß es "Holstein-Lauenburgisches Obergericht". Als 1834 in der mittleren Instanz Justiz und Verwaltung getrennt wurden, ging die Verwaltung an die Schleswig-Holsteinische Regierung auf Gottorf über; das Obergericht bestand als reine Justizbehörde fort. Bei der Trennung von Justiz und Verwaltung im Jahr 1834 wurden die Akten geteilt. Die in Glückstadt verbliebenen Justizakten sind später größtenteils vernichtet worden, die Verwaltungsakten blieben erhalten und bilden den Kern des im Landesarchiv Schleswig-Holstein verwahrten Bestandes.