In den Herzogtümern bildeten unterhalb der zentralen Verwaltungsinstanzen in Kopenhagen seit 1648 bzw. 1713 die Regierungskanzlei in Glückstadt für Holstein und das Obergericht auf Gottorf für Schleswig die höchsten landesherrlichen Behörden. 1834 erfolgte die Trennung von Justiz und Verwaltung auf mittlerer Ebene und es wurde eine neue und nun für beide Herzogtümer gemeinschaftliche Verwaltungsbehörde unter dem Namen Schleswig-Holsteinische Regierung (auch als Provinzialregierung bezeichnet) ins Leben gerufen. Bei ihrer Errichtung übernahm die Schleswig-Holsteinische Regierung sowohl Teile des Archivs der Statthalterschaft als auch das Gros der Verwaltungsakten des Gottorfer Obergerichts und der Glückstädter Regierungskanzlei. Den Großteil dieses Schriftguts ließ die Regierung unberührt, nur einen kleineren Teil führte sie fort. Um die Benutzung der bedeutenden und thematisch reichhaltigen Abt. 49 zu erleichtern, wurde der Bestand im Zeitraum 2012/2013 komplett durchgesehen und in die archivische Datenbank AIDA aufgenommen. Hierbei wurden die Angaben der alten Findmittel zu Titeln und Laufzeiten sämtlicher Archivalien am Bestand überprüft.