Von Fossilien bis zur Französischen Revolution: die letzte Schaffensperiode des großen Aufklärers. Nachdem der Versuch, durch eine Polemik gegen den abgesetzten Landespräsidenten Friedrich Karl von Moser seine dienstliche Position zu verbessern, erfolglos geblieben ist, beschäftigt sich Merck im letzten Abschnitt seines Schaffens passioniert mit naturkundlichen Studien. Hier sucht er die Anerkennung, die seinem literarischen Schaffen versagt war. Die fossilen Funde im Rhein-Main-Gebiet bieten ihm reichlich Material, das er den Präparaten rezenter Tiere gegenüberstellt. Im Vorfeld der modernen Naturwissenschaften betreibt er vergleichende Anatomie mit zum Teil zukunftsweisenden Ergebnissen. Die Kunst bildet mit Lexikonartikeln und zwei großen Aufsätzen ein Gegengewicht. 1788 gerät er in eine Lebenskrise, der Katalog seiner zoologischen Sammlung bricht unvermittelt ab. Das Engagement für die Ideale der Französischen Revolution macht seine Stellung am Darmstädter Hof unhaltbar, der große Aufklärer Johann Heinrich Merck setzt seinem Leben ein Ende.