Anche per quanto riguarda il periodo del Rinascimento, si trovano al Museo opere eccezionali da un punto di vista artistico. Ampia e variegata si presenta l’arte del barocco, con la pittura che rappresenta il fulcro della collezione. Con una vasta selezione dell’arte del XIX e del XX secolo si chiude il grande arco di 1000 anni dell’arte sacra in Alto Adige. Come particolare attrazione, è da nominare la collezione di presepi del Museo, la quale si presenta vasta e di elevata qualità artistica.