An der Farbverglasung von St. Jakob waren die besten Glasmaler Süddeutschlands beteiligt. Für das Chorscheitelfenster des Ostchores um 1350 mit seinem heilsgeschichtlichen Zyklus verpflichtete der adelige Stifter Götz Lesch von Endsee einen Glasmalertrupp, der zuvor und danach am Augsburger Dom und der Regensburger Minoritenkirche gearbeitet hat. In den etwas jüngeren, den Freuden Mariens und der Heilig-Blut-Verehrung gewidmeten Chorflankenfenstern wird eine Werkstatt greifbar, die zuerst in St. Sebald in Nürnberg, später u. a. in der Münchner Frauenkirche, im Dom zu Freising und zuletzt wieder im Augsburger Dom tätig war. Die historistische Farbverglasung von 1910 bis 1914 in Langhaus und Westempore würdigt mit Luther und Melanchthon zentrale Akteure und weitere Unterstützer der Reformation sowie mit Johann Sebastian Bach den bedeutendsten Repräsentanten der protestantischen Kirchenmusik.