Dans le cadre du PNR 54 "Développement durable de l'environnement construit", le projet Deep City a montré sa spécificité et son innovation dans les domaines de la gestion des ressources et de l'urbanisme. Son originalité repose essentiellement en deux points: Deep City est le seul projet du programme à intégrer la dimension du sous-sol de la ville dans le développement urbain. Deep City a la particularité de considérer le sous-sol comme une ressource à usages multiples, servant aussi bien à la construction souterraine, à la valorisation des géomatériaux excavés, à la géothermie et à la production d’eau potable. Considérer le sous-sol de manière holistique permet de développer des synergies entre ses différents usages et de prévenir les conflits. La démarche sectorielle qui prévaut encore aujourd'hui n'autorise pas cette synthèse et conduit à un gaspillage difficilement réparable du sous-sol et inhibe un développement harmonieux de la ville en surface. Le projet Deep City propose une méthodologie basée sur un changement de paradigme: il tend à abandonner une gestion "des besoins aux ressources" au profit d'une gestion "des ressources aux besoins", seule compatible avec un développement durable. Pour mettre en place cette nouvelle gestion, il faut introduire un aménagement du territoire à trois dimensions et non plus à deux comme aujourd'hui. Des propositions sont faites pour que cette notion soit incluse dans la Loi. Les applications de cette méthodologie dépassent beaucoup la Suisse et rendront services aux grandes zones urbaines de par le monde.