Die Paulusbriefe lieferten die theologische Inspiration für die religiöse Revolution, welche als protestantische Reformation bekannt ist, und deren Vermächtnis zur Zeit von Cotton Mathers Leben und beruflicher Laufbahn immer noch im Entstehen war. Mathers Bibelkommentar gibt dem fortwährenden Kampf zwischen Protestanten und Katholiken sowie zwischen den verschiedenen protestantischen Glaubensrichtungen eine Stimme.
Es fand zu seinen Lebzeiten jedoch noch eine andere Revolution statt, eine, die ähnlich wichtig für sein Denken war: die Moderne. Mathers Pauluskommentar wurde durch diese Entwicklung tiefgreifend geprägt, beim Versuch, die Bedeutung der Schriften des Paulus in ihrem ursprünglichen Kontext zu verstehen, und als er versuchte, diesen Schriften vor dem sich verschiebenden Hintergrund neuer Entdeckungen in Naturphilosophie, Geschichte und Kulturwissenschaften Sinn zu verleihen.