Cotton Mathers synoptischer Kommentar zu Esra-Psalmen ist der Kern des umfangreichen theologisch-wissenschaftlichen Unternehmens, welches er "Biblia Americana" nannte. Darin verbindet er biblische mit säkularer Geschichte, untersucht das Problem von Leid und dem Bösen in der Schöpfung und betrachtet die Psalmen sowohl als hebräische Poesie als auch als christliche Weissagung. In seinen Anmerkungen zu Esra, Nehemia und Ester behandelt Mather verschiedenste Themengebiete, von der philosophischen Untermauerung der internationalen Gesetzgebung über die Gepflogenheiten vor Gericht im Perserreich bis zum uneinheitlichen Fortschritt der Reformen, die Esra und Nehemia durchzusetzen versuchten. In Hiob befasst sich Mather mit Fragen der Theodizee und Naturphilosophie. Der Psalmenkommentar zeigt seinen linguistischen Scharfsinn und sein Fachwissen als christlicher Hebraist ebenso wie seine Sensibilität bezüglich schwieriger hermeneutischer Fragen. Im gesamten Werk zeigt sich sein lebhafter Verstand, sein Intellekt und die Hingabe, die ihn zu einem der beliebtesten Geistlichen der Kolonialzeit machten.