Beinahe jedes größere Vorhaben muss heutzutage einer Umweltprüfung unterzogen werden. Dasselbe gilt für Pläne und Programme. Die Vorgaben hierzu basieren auf europäischen Richtlinien, welche der nationale Gesetzgeber teils in existierende Gesetze integriert, teils aber auch in neue Gesetze eingefasst hat. Die darin formulierten rechtlichen Anforderungen stoßen jedoch in der Praxis nicht selten an erkenntnistheoretische Grenzen. Nicht alle Auswirkungen sind mit den heutigen Methoden und dem aktuellen Kenntnisstand aufklärbar. Es verbleiben Unsicherheiten und Risiken hinsichtlich der möglichen Umweltauswirkungen. Vor diesem Hintergrund setzt sich die vorliegende Arbeit mit den Anforderungen an die anzustellenden Ermittlungen und den Umgang mit verbleibenden Unsicherheiten in UVP, SUP und FFH-Verträglichkeitsprüfung auseinander. Hierbei greift sie beispielhaft ein äußert praxisrelevantes Konfliktfeld auf: die Auswirkungen von Windenergieanlagen auf Vögel. Nach der Darstellung des gegenwärtigen Kenntnisstandes und verbleibender Kenntnislücken und Unsicherheiten werden die rechtlichen Anforderungen und deren praktische Umsetzung und Umsetzbarkeit kritisch begutachtet sowie die Auswirkung von Erkenntnislücken auf die Zulässigkeit von Windenergievorhaben erörtert.